Su reinado se vio envuelto en continuos enfrentamientos con el reino castellano, llegando a aliarse con los almohades frente a Castilla y no participando en la victoria cristiana de las Navas de Tolosa.
Contrajo matrimonio con su prima Teresa de Portugal en 1191 primero, y con su sobrina Berenguela de Castilla en 1197, buscando alianzas y la consolidación de su poder. Sin embargo sus matrimonios, de los que tuvo hijos, fueron anulados por el Papa, debido a la consanguinidad de los cónyuges.
Tumbo A de la Catedral de Santiago
Llevó a cabo también varias campañas contra los árabes, recuperando Extremadura (Mérida, en 1229, y Cáceres y Badajoz en 1230).
Muere en 1230, dejando el reino a las hijas habidas de su primer matrimonio con Teresa de Portugal, sin embargo, será su hijo Fernando III, habido con Berenguela de Castilla, el que se hará finalmente con el control del reino, dado su mayor poder, ya que ya era rey de Castilla tras haber recibido de su madre ese reino a la muerte de su hermano Enrique I. Esta es la última unión de Castilla y León y el reino ya no volverá a dividirse.
Destaca, durante el reinado de Alfonso IX, la fundación, en 1219, de la Universidad de Salamanca, que se convertirá con el tiempo, en el principal centro académico peninsular.
